Santa Ana fué fundada en la época precolombina en el período clásico. Sin embargo, hay evidencias de asentamientos durante el período preclásico. Sus moradores pertenecían a las culturas maya, y principalmente pipil, que habitaron tanto en el actual municipio como en todo el departamento. La ciudad de Santa Ana fue fundada por los mayas pocomamesen lo que hoy es el Barrio de Santa Bárbara entre los ríos Apanteos y Apanchacal, alrededor de los siglos Vo VI; se desconoce el nombre del asentamiento, pero posiblemente estuvo sometida a Chalchuapa, que era capital de los mayas pocomames.