El municipio de San Antonio Pajonal fué fundado el 13 de noviembre de 1945, siendo inicialmente fundada como una aldea a principios del siglo XIX bajo la jurisdicción del municipio de Santiago de la Frontera. El municipio de San Antonio Pajonal tiene una extensión territorial de 51.92 km2, contando con una  zona urbana pequeña dividida en 4 cantones y 14 caseríos.